簡而言之，隨著國地稅合并工作漸漸成熟，各轄區征管隊伍的人員編制規模逐步擴大，稅務稽查體系的隨之完善，新政更加明確并強調各部門管理職責，同時加強稅局與更新整備局、國土和住建局等政府部門的信息聯動功能，通過項目的全程管理實現強化征管的目的，具體規定如下：

1. 土地增值稅的主管稅務機關是房地產所在地的區稅務局；

2. 各區稅務局負責轄區內房地產開發項目、自建房、存量房等土地增值稅具體管理，包括土地增值稅項目管理、預征申報、清算受理、清算審核、土地增值稅申報、稅收優惠管理等工作（蛇口稅務局、前海稅務局不負責個人存量房土地增值稅征收）；

3. 各稽查局負責查處我市范圍內土地增值稅偷、逃、抗等稅收違法行為。

新政的第四條規定納稅人進行房地產開發，以規劃部門審批的《建設用地規劃許可證》中的項目名稱辦理項目登記。同時明確，城市更新項目可結合城市更新項目批復、社會投資項目備案證等情況辦理項目登記。

筆者認為，本條款將《建設用地規劃許可證》作為區分項目的依據，相較部分地區以《建設工程規劃許可證》為準，更具有科學性與實操性。而納入及放寬城市更新項目登記規則，則是完全考慮到城市更新的業務實質的體現，不過項目批準的主動權仍掌握在稅局手中。另外，對于深圳市土地整備利益統籌、棚戶區改造等項目是否能夠同樣適用該款，新政規定并未說明，無論如何確實已然是一種趨勢，相信未來亦會逐漸完善。

基于考慮深圳市針對開發商需為政府或公共主體配建并無償移交保障性住房的特別要求，為降低房地產開發商預繳土地增值稅的壓力，本次新政明確，經政府部門批準建設的保障性住房，暫不預征土地增值稅,但應在取得收入的次月15日內到主管稅務機關備案。需注意，保障性住房僅不預征，但并不表示不征收土地增值稅。

四、建立“集體合議”機制

新政明確要求建立“集體合議”機制，確保土地增值稅清算過程中重大事項的公平公正性，同時多人合議制可提高工作準確性與效率。合議成員由各區稅務局自行確定，至少包括3人。筆者總結，其中以下情形需通過集體合議后方可確定執行：

（1）對于分期開發的項目，主管稅務機關可結合建設工程規劃許可證、建筑工程施工許可證、預售許可證以及納稅人會計核算情況，經集體合議后，確認按分期建設的項目進行項目登記。

（2）納稅人項目登記后，因有關事項發生變化，確需變更的，應于有關事項發生變化之日起30日內向主管稅務機關申請變更項目登記，并報送有關材料，主管稅務機關應通過集體合議的方式確認是否變更項目登記。

（3）主管稅務機關應在該項目可要求納稅人進行土地增值稅清算情形起1年內制定清算計劃，清算計劃須經過集體合議。

（4）對采取核定清算的房地產項目，由主管稅務機關經集體合議后確定。

五、項目清算申報過程仍堅持“三分法”

根據新規內容，納稅人辦理清算申報時，對同一開發項目或同一分期項目中既建有普通標準住宅又建有非普通標準住宅、其他類型房地產的，如納稅人申請享受免征普通標準住宅的土地增值稅優惠政策，應分別計算增值額、增值率以及應繳的土地增值稅。

筆者認為，按新政，假設房地產開發商不進行上述三分法區分的申請，則項目范圍內普通標準住宅優惠政策是否可以一并計算土地增值稅，就值得商榷了。

六、項目清算過程中明確納稅人義務、延長稅務機關辦理時間

新政中強調，納稅人應如實申報繳納土地增值稅，并對清算申報的真實性、準確性和完整性承擔法律責任。同時對舊規中關于房地產項目登記、變更、清算申報、審核以及繳稅時間進行稍微調整，包括不限于：

（1）項目登記后有關事項發生變化確需變更的，由原來10日延長到30日；

（2）清算審核在90日內完成確有困難的，經區稅務局批準，可延期90日完成；

（3）納稅人應在收到核定清算通知書之日起30日內辦理補、退稅。

根據當前實踐，房地產項目核定基本上是采用核定開發成本和開發費用的模式。新政亦延續舊規中相關規定，如成本核定可選擇以下方式確定：

（1）房地產開發企業上報政府相關部門審定或備案的房地產投資總規模、土地成本、工程造價成本等相關數據或者房地產開發企業在國土產權管理部門辦理產權初始登記中有關土地成本以及開發成本等相關數據。

（2）參照住房建設部門公布的建筑工程造價成本。

（3）同一地區、同一類型、同一年度、銷售檔次相近的房地產開發成本。

同時，新政中規定主管稅務機關可以參照房地產開發行業中經營規模、開發模式相近的納稅人在同一地區、同一年度開發的房地產項目的稅負水平核定征收率。該款規定也即表明稅局具有較強的自由裁量權，換個角度說，對于稅企關系維系良好的房地產公司是否亦有一定的溝通空間，筆者在此不再贅述。

而舊規中，針對2005年11月1日之前開發并開始銷售到2005年11月1日以后結束的項目可以適用核定征收的規定盡管在新規中并未再提及，但在舊房轉讓征收管理相關條款中，規定個人轉讓存量房仍可沿用深地稅發[2009]460號文。筆者認為，依照實質性審核原則，若滿足相關要求和條件，稅局原則上會綜合考量而非據實清算。

八、清算后尾盤管理

新規新增開發商清算后的尾盤管理規定，筆者認為，本部分內容是在稅務部門在實際項目中對相關問題解決方式的提煉與歸納。對在土地增值稅清算時未轉讓的房地產，清算后再轉讓的，納稅人應按月匯總且次月申報。其中，扣除項目金額按清算時的單位建筑面積成本費用(不含與轉讓房地產有關的稅金)乘以清算后轉讓的面積，再加上清算后轉讓時繳納的與轉讓房地產有關的稅金計算。

九、中介機構鑒證管理要求減弱，改為專業服務機構

舊規中針對中介機構鑒證管理的相關條款，在新政中進行規定內容壓縮與范圍調整，將受托機構是稅務中介機構，改為涉稅專業服務機構，涉稅專業服務機構應出具清算鑒證報告，必要時主管稅務機關可要求專業服務機構提供清算鑒證報告的審核工作底稿。

十、核定征收率明確僅限于個人轉讓舊房

新政中針對舊房轉讓核定征收率的適用條款進行范圍減小，即僅適用個人轉讓存量房可適用。根據深地稅發[2009]460號的規定:對普通標準住宅銷售收入核定征收率為6%，對非普通標準住宅銷售收入核定征收率為8%，對寫字樓、商鋪銷售收入核定征收率為10%，對其他類型房地產銷售收入核定征收率為5%。核定征收稅款包含已預征稅款。也即明確了實操中我們經常遇到企業通過法院拍賣等其他方式取得房產后再轉讓過程均不得核定征收。

綜上所述，深圳土地增值稅新規程很大程度上增加了深圳土地增值稅清算的確定性，使地產項目的土地增值稅清算更加具備可執行性、公平和透明。建議開發企業面對新規程，應積極地調整心態，從管理方式上突破，以便更好地適應未來的稅務征管環境。

附：新舊政策對比分析表